Sử liệu của Nhật Bản đã nhắc tới vùng đất này từ thời Edo (1590) trong các văn bản của Toyotomi Hideyoshi (Phong Thần Tú Cát).

Trên "Shōhō Onkuko Ezu", một bản đồ của Nhật Bản do Mạc phủ Tokugawa thực hiện năm 1644 có 39 hòn đảo lớn nhỏ xuất hiện ở phía đông bắc bán đảo Shiretoko và Mũi Nosappu .

Sử liệu của Nga đề cập lần đầu tiên đến Kuril vào khoảng năm 1646, đã chậm hàng chục năm sau khi người Nhật đề cập tới những hòn đảo này nhưng mãi đến tận năm 1679 nhà thám hiểm Vladimir Atlasov mới thu thập được dữ kiện cụ thể về quần đảo. Sang thế kỷ 18 và đầu thế kỷ 19, các nhà thám hiểm như Danila Antsiferov, I. Kozyrevsky, Ivan Evreinov, Fyodor Luzhin, Martin Shpanberg, Adam Johann von Krusenstern (Ivan Fedorovich Kruzenshtern), Vasily Golovnin và Henry James Snow lần lượt đặt chân lên Kuril.

Năm 1811, đại tá Nga Vasily Golovnin khám phá đảo Kunashir thay mặt cho Học viện Khoa học Nga thì đụng độ với người Nhật. Golovnin bị bắt và giam giữ suốt 18 tháng .

Bốn đảo bị Liên Xô xâm chiếm và sáp nhập vào ngày 18-8-1945, tức ba ngày sau khi Nhật Bản tuyên bố đầu hàng (15/8/1945). Etorofu được phía Nga đổi gọi là Iturup, còn Kunashiri được gọi là Kunashir. Khi đó, Liên Xô đã di dời 17.000 người Nhật trên quần đảo này sang Kazakhstan và Uzbekistan, đến năm 1946 thì tuyên bố bốn hòn đảo thuộc Liên Xô.

Năm 1956, khi nước Nhật và Liên Xô thiết lập quan hệ ngoại giao, nhà lãnh đạo Liên Xô Nikita Khrushchev đã đề nghị trả lại hai đảo Shikotan và Habomai cho Nhật. Tuy nhiên, các cuộc đàm phán đã không đi đến đâu. Năm 1991, tổng thống Nga Boris Yeltsin từng đề cập lại vấn đề này nhưng bị dư luận Nga phản đối quyết liệt.